Zwiedzanie muzeum rozpoczyna się przy wejściu do klasztoru o godzinach: 9.00, 10.30, 13.30, 15.00, (16.30 od maja do września)
Zwiedzanie muzeum rozpoczyna się przy wejściu do klasztoru o godzinach: 14.00, 15.00, 16.00
Początki Muzeum sięgają roku 1954, kiedy to ówczesny opat dr Stanisław Kiełtyka chcąc ocalić zbiory sztuki sakralnej, a także eksponaty zbierane od okolicznej ludności, założył klasztorne muzeum, które decyzją Ministerstwa Kultury i Sztuki stało się filią Muzeum Diecezjalnego w Tarnowie.
Muzeum pierwotnie znajdowało się w pomieszczeniach klasztornych zwanych przeoratem, a zbiory nie były jeszcze uporządkowane. W roku 1966 dokonano uporządkowania zbiorów i podzielenia ich na 2 działy: militaria i sztuka sakralna. W 1978 cystersi odzyskali XVII wieczny spichlerz, który podczas remontu okazał się dawną rezydencją opata. Podjęto decyzję, aby wykorzystać ten budynek na muzeum historyczne. Przebudowę zakończono ostatecznie w 1984 r. i zgodnie z decyzją opata dr Huberta Kostrzańskiego przeniesiono eksponaty z klasztoru do całkowicie przebudowanego dawnego spichlerza. Nad prowadzonymi pracami czuwał O. Henryk Jędrzejewski były kustosz muzeum.
Górna sala tzw. zbrojownia:
W górnej sali znajduje się XVIII wieczna kopia mapy świata z XIII wieku Konrada Milera z Hanoweru. Ukazuje ona świat jako okrągłą płaszczyznę z centrum w Jerozolimie. Pokazuje, że świat jest pod opieką Chrystusa Ukrzyżowanego. Na niej zaznaczona jest także Polska.
Dalej znajduje się kolekcja monet (zbiory numizmatyczne ) - od Władysława Jagiełły do 1918 roku, a obok powieszona jest tarcza ozdobna z XVIII wieku, następnie buzdygany, XIX wieczna litografia od Piasta Kołodzieja do Żółkiewskiego. Na gablotach wokół sali wyłożona jest:
Są też elementy uzbrojenia takie jak: szyszak, naplecznik, napierśnik, kusza XVIII wieczna.
W środku sali można zobaczyć wazy japońskie znajdujące się pomiędzy kolczugami z XVI wieku. Ponadto kopia zbroi rycerskiej z XVI wieku, kopia miecza obosiecznego. W gablotach na środku sali znajduje się bogaty zbiór minerałów, rud metali i skał, a nawet ząb mamuta.
Po wyjściu z sali na górnym korytarzu w gablotach zaszklonych widzimy monety i banknoty, oraz obraz opata Stanisława Kiełtyki, twórcy i organizatora muzeum, a także obraz Opata Huberta Kostrzańskiego, fundatora i restauratora obecnego budynku muzealnego.
Schodząc po schodach w dół po lewej stronie na ścianach znajdują się zdjęcia klasztorów cysterskich w Polsce, oraz mapa rozprzestrzeniania się i filiacji klasztorów cysterskich w Polsce. Jest też na klatce schodowej kącik „Solidarności”, oraz na półpiętrze skrzynia z drzewa.
W sali środkowej, piętro niżej znajduje się figura Matki Bożej z XVI wieku, współcześnie wykonana figura opata czytającego psalmy z XVIII wiecznego Psałterza łacińskiego. „Psałterz Dawidowy” z XVIII, oraz tłumaczenia Jana Kochanowskiego – starodruk drukowany po polsku, czcionka gotycka.
W szafach zaszklonych znajdują się ornaty i dalmatyki z XVII, XVIII i XIX wieku, dwa z nich naturalnie haftowane nicią. Na szafach są przykłady rzeźbiarstwa ludowego – Jędrzeja Wowry z Gorzenia Górnego i Józefa Janosa z Dębna Podhalańskiego. W gablotach na środku są pamiątki z cerkwi prawosławnych i medalierstwo (kolekcja liczy 55 medali).
Na samym dole po drugiej stronie znajduje się sala ludowa, a w niej kącik poświęcony historii browarnictwa klasztornego w Szczyrzycu z etykietami z piwa szczyrzyckiego i nie tylko. W innej części tego pomieszczenia można obejrzeć pamiątki po Władysławie Orkanie piewcy Podhala: pisma autora, zdjęcia rodzinne. Był on wychowankiem czteroklasowej Szkoły Ludowej prowadzonej przez Cystersów w Szczyrzycu.
Po przeciwnej stronie na ścianie znajduje się legenda o diablim kamieniu przedstawiona w obrazkach na szkle malowanych. Jest też specjalnie wyeksponowana gablota za szkłem ze strojami szczyrzyckimi. W tym pomieszczeniu można nabyć pamiątki dotyczące klasztoru i Szczyrzyca wraz z literaturą o duchowości cysterskiej i historii.